1．和CT一樣，MRI也是影像診斷，很多病變單憑MRI仍難以確診，不像內窺鏡可同時獲得影像和病理兩方麵的診斷；
2．對肺部的檢查不優於X線或CT檢查，對肝髒、胰腺、腎上腺、前列腺的檢查不比CT優越，但費用要高昂得多；
3．對胃腸道的病變不如內窺鏡檢查；
4．體內留有金屬物品者不宜接受MRI。
5. 危重病人、妊娠3個月之內的、帶有心髒起搏器及鋼板的患者不能做MRI。

正電子發射斷層攝影（PET）是新發展起來的核醫學檢查方法。掃描前先給病人注射一種標記某種正電子的放射性製劑，從它們所參與的代謝過程來測定腦組織的代謝改變。由於大腦所需能量的80%來自葡萄糖，大腦某一部位的功能越活躍，那個部位的腦細胞和葡萄糖代謝就越旺盛。PET可根據葡萄糖代謝率的高低，來檢測腦異常代謝的確切部位。PET可在三維空間測定出癲癇病人腦代謝和血流局限異常 。癲癇病人腦病灶區在發作時常有代謝增強，發作間隙期病灶區顯示代謝降低，從而有助於確定病灶。是目前惟一可在活體上顯示生物分子代謝、受體及神經介質活動的新型影像技術，現已廣泛用於多種疾病的診斷與鑒別診斷、病情判斷、療效評價、髒器功能研究和新藥開發等方麵。 與前三者的成像原理有本質的區別。

PET 相較於CT和MRI來說，其主要特點為：

1.靈敏度高。PET是一種反映分子代謝的顯像，當疾病早期處於分子水平變化階段，病變區的形態結構尚未呈現異常，MRI、CT檢查還不能明確診斷時，PET檢查即可發現病灶所在，並可獲得三維影像，還能進行定量分析，達到早期診斷，這是目前其它影像檢查所無法比擬的。

2.特異性高。MRI、CT檢查發現髒器有腫瘤時，是良性還是惡性很難做出判斷，但PET檢查可以根據惡性腫瘤高代謝的特點而做出診斷。

3.全身顯像。PET一次性全身顯像檢查便可獲得全身各個區域的圖像。

4.安全性好。PET檢查需要的核素有一定的放射性，但所用核素量很少，而且半衰期很短（短的在12分鍾左右，長的在120分鍾左右），經過物理衰減和生物代謝兩方麵作用，在受檢者體內存留時間很短。一次PET全身檢查的放射線照射劑量遠遠小於一個部位的常規CT檢查，因而安全可靠.